Terdapat beberapa metode belajar AL-Quran yang diterapkan di Majelis Al-Mulki, salah satunya yaitu dengan metode setoran (individu) dan metode acak (berjamaah). Metode membaca Al-Quran setoran yaitu dengan cara menyetorkan bacaan yang akan dibaca secara individu. Metode membaca Al-Quran dengan cara di acak sesuai dengan posisi duduk santri, jadi diharapkan mampu mendorong lebih cekatan dan lebih siap lagi.